Tarea04

Estudiante: Katherine Trejos Porras

Carné: C07869

Carga de los paquetes

library(sf)
library(leaflet)
library(dplyr)
library(DT)
library(plotly)
library(raster)
library(tidyr)
library(spData)

Carga de los datos

# Carga de los datos de las orquideas de Costa Rica
Orquideas <- 
  st_read(
  "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/gbif/orchidaceae-cr-registros.csv",
   options = c(
      "X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
      "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"
    ),
    quiet = TRUE
  )


# Carga de los datos de areas silvestres protegidas (ASP) de Costa Rica
ASP <- 
  st_read(
    "https://raw.githubusercontent.com/gf0604-procesamientodatosgeograficos/2021i-datos/main/sinac/asp/asp-wgs84.geojson",
    quiet = TRUE
  )


#Asignación del sistema de las coordenadas
st_crs(Orquideas) = 4326
st_crs(ASP) = 4326

Limpieza

# Inicio de descartar los campos vacíos de species contenidos en los datos de las orquideas
Orquideas$species[Orquideas$species == ""] <- "especies"

# Descartar los registros que posean valores mayores a mil (1000) y terminar de descartar los campos vacíos de species
Orquideas <- Orquideas %>%
  filter(!is.na(coordinateUncertaintyInMeters) & coordinateUncertaintyInMeters <= 1000)%>%
  filter(species!="especies")

cat("Cantidad de registros después de descartar los valores mayores a mil (1000)", nrow(ASP))

## Cantidad de registros después de descartar los valores mayores a mil (1000) 171

# Descartar los registros de las ASP que son Áreas marinas protegidas
ASP <- 
   ASP %>%
   filter(descripcio!="Area Marina de Manejo" & descripcio!="Area marina protegida")

cat("Cantidad de registros después de descartar las areas marinas protegidas", nrow(ASP))

## Cantidad de registros después de descartar las areas marinas protegidas 148

# Creación de un data con los datos de las orquídeas y de las ASP con los datos juntos y ya realizado los cambios sugeridos de limpieza
ASP_registros <-
  ASP %>%
  st_join(Orquideas) %>%
  group_by(nombre_asp) %>%
  summarize(especies = n_distinct(species,na.rm = TRUE)) 

Mapa

Definición de las paletas de colores

# Paleta de colores 
colores_ASP_registros <-
  colorNumeric(palette = "Grays",
               domain = ASP_registros$especies,
               na.color = "transparent")

# Paleta de colores
colores_especies <-
  colorNumeric(palette = "Reds",
               domain = ASP_registros$especies,
               na.color = "transparent")

Elaboración del mapa

leaflet() %>%
  addTiles(group = "OSM") %>%
  addPolygons(
    data = ASP_registros,
    fillColor = ~ colores_especies(ASP_registros$especies),
    fillOpacity = 0.7,
    stroke = TRUE,
    color = "black",
    weight = 1,
    popup = paste(
      paste(
        "<strong>Áreas silvestres protegidas:</strong>",
        ASP_registros$nombre_asp
      ),
      paste(
        "<strong>Cantidad de especies:</strong>",
        ASP_registros$especies
        
      ),
      sep = '<br/>'
    ),
    group = "Áreas silvestres protegidas - especies"
  ) %>%
  addLayersControl(baseGroups = c("OSM"),
                   overlayGroups = c("Áreas silvestres protegidas - especies")) %>%
  addLegend(
    position = "bottomleft",
    pal = colores_especies,
    values = ASP_registros$especies,
    group = "Áreas silvestres protegidas - especies",
    title = "Cantidad de orquídeas")